I Cappuccini erano presenti a Gaeta dal 1545; prima nel convento di S. Martino, abbandonato dai Certosini, poi nella chiesa dei Santi Sebastiano e Rocco. Di li si trasferirono sull'istmo di Montesecco, nelle prossimità della cinta fortificata della città, da dove si allontanarono nel 1750 per costruire un nuovo edificio sulla collina che prese il loro nome.

Il convento, che fu sede dell'Istituto Tecnico Nautico dalla fine dell'Ottocento al 1960, venne abolito nel 1866 e subì una radicale trasformazione strutturale a seguito della nuova destinazione d'uso. In esso vi trovarono alloggio l'Istituto Nautico, la Scuola Media, L'Istituto Professionale per le Attività Marinare e le Scuole Elementari. Il complesso, dedicato a Sant'Antonio da Padova, era stato concepito secondo la tipologia architettonica conventuale, intorno ad un ampio chiostro quadrato, con portico sostenuto da archi a tutto sesto in muratura.

Danneggiato nei vari assedi, durante l'occupazione dei piemontesi (1860-61) venne utilizzato per scopi militari e, durante le pestilenze, a lazzaretto.  Il corpo di fabbrica è composto da un imponente edificio quadrato che fiancheggia la chiesa conventuale dedicata a Sant'Antonio da Padova. L'intera struttura è preceduta da un'ampia rampa che conduce al chiostro esistente ancora su tre lati.

Parzialmente accessibile ai disabili.